KERORO軍曹原創劇場版第3彈將在2008年8月15日躍上大銀幕!!在第1彈與第2彈故事中，都拯救了原本應該侵略成功的地球。但是再次即將陷入恐怖危機的地球的KERORO軍曹的面前，最新！最壞！最強的敵人終於出現了！！

某個優閒的日子裡，冬樹與KERORO小隊一起去參觀印加帝國遺跡。喜歡超自然的冬樹非常開心，但是身旁的KERORO卻滿腦子都在想著侵略地球的事。他們在那裡發現了迷宮般奇妙的遺跡，突然一個不小心…不對！應該是說粗心大意地誤觸了陷阱，大家只能趕快往前奔跑逃命。而冬樹就在逃跑的同時，瞥見了一個佇立在迷宮之中，一動也不動的神秘少女。冬樹與KERORO小隊們就這樣帶著對少女的疑問回到了東京漸漸了遺忘這個事情。

然而，最強的敵人就在此時無預警的現身。這個傢伙竟然相貌神似KERORO，但是卻和沉迷於鋼彈的傻瓜青蛙非常不同，這個貌似KERORO的敵人就是黑暗KERORO，他有著異常冷靜、沉著的態度，並且準備好即將迅速執行侵略地球計畫。

黑暗KERORO帶著SHIVAVA、DORURU、MIRURU三個優秀的手下們，開始展開侵略世界各地。藍星的命運將會如何？正面迎戰黑暗KERORO的KERORO小隊的又將遭遇什麼困難? KERORO小隊能夠挺身而出再次成功保衛地球嗎？