1943年，由聖功修女會在中國天津創立。
1948年，由大陸遷徙來台，1949年在高雄市五福三路復院，服務南台灣民眾，這是台灣第一所天主教醫院。樂仁醫院當時以婦產科與外科聞名。
1955～1977年，在台南縣新營、麻豆高雄市左營，桃園縣大溪、台北汐止等地設立門診分部，服務台灣各地民眾。
1978年，喬遷新址至高雄市建國一路心願區，擴充科室成為綜合醫院，更名為天主教聖功綜合醫院，以嶄新的醫療設備服務高雄市民。
1988年，擴建四、五層樓，並通過衛生署評鑑為地區叫學醫院。1990、1993、1996、1999、2002、2003年通過地區教學醫院評鑑。
2002年，地上十三層、地下四層之醫療大樓完工，完成空間規劃，提供民眾急性醫療與長期照護整體性的醫療照護服務。