本院於三十四年抗戰勝利後，於南京市郊湯山成立「軍政部首都臨時陸軍醫院」以來至六十六年三月二十一日遷至現址作業，及八十七年七月一日定名為「國軍高雄總醫院」，在各任院長卓越的領導，以及全體同仁共同的努力下，目前在醫療服務上所提供診治科別計有一般外科等33科別，工作同仁達1千餘人，各項醫療服務，成效令人激賞。擔任嘉義以南地區三軍官兵及眷屬醫療保健作業外島後送醫療。擔任臨床軍醫之住院醫師及專科醫師訓練、醫學再教育及國軍和民間醫護院校教學實習等。擔任第四作戰區聯合醫療責任制度中心醫院，平時整合戰區內各醫療體系之行政、醫療、教育等之協調與支援；戰時擴充床位及徵用民間醫院並負擔傷患醫療及轉診等任務。負責役男、各軍事院校招生、入學體檢等各種體檢工作。提供全民醫療保健作業、支援聯勤廠庫員工保健及地區緊急醫療網作業。負責東、南沙島官兵醫療作業及馬祖醫療支援作業。