本院創立於民國八十三年，院長　陳森基醫師有感於屏東地區為一偏遠之縣市，醫療資源較為貧乏，且高雄地區之各大醫院常一床難求，對急重症之病患，常有延醫誤時之憾，乃一本醫者「懸壺濟世，服務桑梓」之初衷，在屏北創設寶建醫院。初期設立130床，以骨科、內科、外科等急重症為主。
為提供屏東地區更充實的醫療資源提昇基層醫療品質，使民眾能獲得最便利、有效之醫療服務，乃於八十六年及九十年擴建新醫療大樓，成為床數達400餘床之綜合醫院，並增購各項最先進新穎之精密醫療儀器，禮聘各次專科醫師來院，增設各臨床診療科，提升醫療品質，加強對病患的服務功能，以醫學中心的醫療環境，積極邁向區域教學醫院/甲級社區醫院的目標。